Το Βυζαντινό Μουσείο των Ιωαννίνων, βρίσκεται στο Ιτς Καλέ στην νότιο-ανατολική ακρόπολη του Κάστρου. Το διώροφο κτίριο κτίστηκε το 1958 από τον ελληνικό στρατό ως βασιλικό περίπτερο και από το 1995 λειτουργεί ως μουσείο. Τα ευρήματα που εκθέτει είναι γλυπτά, νομίσματα, παλαιά κειμήλια και εικόνες, κυρίως της βυζαντινής και μεταβυζαντινής περιόδου, που χρονολογούνται από τον 4ο έως τον 19ο αιώνα.

Στο ισόγειο στεγάζεται η μόνιμη έκθεση με την κεντρική συλλογή που αναφέρεται σε τρεις εποχές, την Παλαιοχριστιανική, την Βυζαντινή και την Μεταβυζαντινή. Τα εκθέματα είναι ενδεικτικά για την ιστορία και την τέχνη της ευρύτερης περιοχής και προέρχονται από όλη την περιφέρεια της Ηπείρου. Τα βυζαντινά γλυπτά από τους ναούς, καθώς και οι μαρμάρινοι κίονες και τα κορινθιακά κιονόκρανα της παλαιοχριστιανικής περιόδου από την περιοχής της Θεσπρωτίας, είναι μία από πολύ ενδιαφέρουσα συλλογή του Μουσείου.

Στο «Θησαυροφυλάκιο» που βρίσκεται στον περιβάλλοντα χώρο του μουσείου λειτουργεί έκθεση Αργυροχοΐας, της παραδοσιακής τέχνης των Ιωαννίνων. Εκεί εκθέτονται πολλά ενδιαφέροντα  και μεγάλης αξίας εκκλησιαστικά και κοσμικά έργα που προέρχονται από ιδιωτικές συλλογές. Το «Φετιχιέ» τζαμί, ο τάφος του Αλή Πασά και τα «μαγειρεία» του Ιτς Καλέ είναι επίσης ενδιαφέροντα μνημεία του περιβάλλοντος χώρου. Στο μουσείο υπάρχει εργαστήριο συντήρησης αρχαιολογικών ευρημάτων και χώρος αποθήκευσης για τα ανασκαφικά ευρήματα. Επίσης στις αίθουσες του φιλοξενούνται περιοδικές εκθέσεις και άλλες δραστηριότητες και υπάρχει πωλητήριο για τις αγορές σουβενίρ.

Το Βυζαντινό Μουσείο των Ιωαννίνων έχει μετατραπεί σε πόλο έλξης με τη διοργάνωση θεατρικών εκδηλώσεων, εκθέσεων, διαλέξεων και εκπαιδευτικών προγραμμάτων. Εκεί βρίσκεται η καρδιά ενός πολιτιστικού χώρου που διδάσκει την ιστορία της Ηπείρου όπως αυτή αποτυπώνεται από τις αρχαιολογικές ανασκαφές.